Záleží na tom, jak si Windows nainstaluješ. Máš 3 možnosti:
1. zachovat aplikace i soubory - v tomto případě máš by měly zůstat i nainstalované programy, ale máš velkou šanci, že se instalace nezadaří, pokud systém není v pořádku
2. zachovat soubory - programy nezůstanou, ale dokumenty apod. ano
3. nezachovat nic

Ve všech příp=adech se vytvoří složka Windows.old, ve které jsou zachovaná původní Windows, ke kterým se můžeš vrátit.