Zkusil jsem toho více.
- před přihlášením jsem zapnul NumLock, restartoval a na první pokus to fungovalo, ale po vypnutí celého PC a zapnutí cca po 30min, jsem opět musel NumLock zapínat ručně.
- zkusil jsem přepsat InitialKeyboardIndicators jak v HKEY_CURRENT_USER, tak i HKEY_USERS a pořád nic.

Už nevím co vyzkoušet. Je to sice prkotina, ale štve mě to.