Systémové soubory a složky na usb disku

Prosím, poraďte my. Nejsem moc zkušený s prací na počítači. Při vypínání počítače, jsem zapomněl zavřít běžící aplikace. V tu chvíli jsem měl ke stroji připojený usb disk. Když jsem ho další den chtěl použít, zjistil jsem, že jsou na něm soubory a složky, které jsem na něj nenahrál. Zkoušel jsem je smazat, ale OS mi nahlásil, že se jedná o souborové systémy a složky a, že by to mohlo poškodit systém. Používal jsem ho pro přehrávání videí na set top boxu, což teď nemohu. Krom toho ty soubory zabírají dost místa. Používám OS Windows 8. Jak se jich mám zbavit? Děkuji za odpovědi.