Taky používám avidemux, ale verze, kterou mám (=poslední dostupná) to má nějak jinak než je v v tom manuálu. Markers v menu není a neukládá úsek mezi A a B, ale tento úsek se přes Delete smaže.
Mimo to ukládá při volbě copy z flv do avi, které je navíc špatné. Zmrví zvuk a posune ho vůči obrazu. Já potřebuji jen to oříznutí.

Pokud chci dostat kvalitnější výstup, tak používám toto nastavení.
1 - V seznamu Video Output v levém horním rohu zvolte MPEG-4 AVC.
2 - Klikněte na tlačítko [Configure], otevře se okno x264 configuration. V Rate control vyberte Average Bitrate (Two Pass) z rozevíracího seznamu Encoding Mode a nastavit průměrný datový tok do 10000
3 - Klepněte na tlačítko OK a okno zavřete
4 - V Audio rozbalovacího seznamu vyberte MP3 (lame)
5 - Klikněte na tlačítko [Filters] a nastavte Převzorkování na 48000 a potvrďte OK
6- V části Output Format vyberte MP4 Muxer

Výsledek je sice dobrý, ale video je víc jak dvojnásobné a reender trvá hodiny.