Díky za pomoc,
já se mezitím dál v učebnici dočetl co s tím a tak jsem prográmek trochu přepracoval - deklaroval jsem proměnnou ignoruj a přidal cyklus do, který vymaže všechny zadané znaky kromě prvního.

/* Cyklus běží do zapsání znaku S.
*/
class TestFor {
public static void main(String args[])
throws java.io.IOException {
int i;
char ignoruj;

System.out.println("Stiskněte S pro zastaveni.");

for (i = 0; (char) System.in.read() != 'S'; i++){

do {
ignoruj = (char) System.in.read();
} while (ignoruj != '\n');

System.out.println("Pruchod c." + i);
}

}
}