Musel bys použít nějaký další program, přímo ve Windows to možné není.
Jinak ten program pro docházku by měl běžet jako služba, ne?
To znamená, že může být spuštěn např. pod administrátorem nebo účtem systém. Pak by to bylo nezávislé na právec řihlášeného uživatele a dalo by se to vyřešit standardními právy na úrovni NTFS