Můžeš to udělat efektně pomocí PHP:

<?php

/*
1] vytvoř si soubor info.php
2] do info.php, který si vytvoříš, zadáš tenhle kod.
- když tam bude místo "zapnuto" cokoliv jiného, tak script nepojede
- kód se potom bude spouštět na všech stránkách automaticky
3] do htaccess přidej na začátek direktivu php_value auto_prepend_file "tvojecestaksouboru/info.php" - cestu zjistíš v phpinfo

*/

//---------------- vypinac ------
$vypinac="zapnuto";

//---------------- vypinac ------
?>

<style>
#menu {background-color:red;color:BLACK;font-size:30px;}
</style>

<div id="menu">
<?php if ($vypinac=="zapnuto"){
?>

<script>
if(!navigator.cookieEnabled) {document.write("Cookies jsou vypnuty")};
alert("Jsem zapnuty, proto funguju");

</script>

<?php };?>

</div>