Obávám se, že s tím nic nenaděláš.
Rozdíl mezi poznámkami (pod čarou) a vysvětlivkami je ten, že poznámka je umístěna na téže stránce, na které je na ní odkaz, zatímco vysvětlivky jsou umístěny na konci dokumentu (resp. oddílu).
Nevíme sice, jaký typ dokumentu tvoříš, ale u odborných dokumentů je zvykem, že obsah je umístěn na začátku dokunentu, nikoli na jeho konci. Pak by snad umístění poznámek na konci nemuselo vadit.

Napadá mě, že pokud chceš obsah zachovat na konci dokumentu, mohlo by možná pomoci vložit před obsah konec oddílu (nevím, nezkoušel jsem). Ale pokud to je něco odborného, tak opravdu raději obsah umísti na začátek.