Několik zásadních faktů:

1. IIS je nákladově někde úplně jinde, než Apache
2. IIS běží jen na jediné platformě
3. PHP je do IIS integrováno relativně hodně násilně, rozhodně se nejedná o bezproblémové soužití
4. Každý partikulární problém má určité optimální řešení - někdy je to Apache, jindy zase IIS (příklad: pokud mám dotnetovou aplikaci, bude jasnou volbou IIS. Pokud řeším interoperabilitu s PHP, Pythonem, apod., případně potřebuju širokou platformovou kompatibilitu, volím Apache)
5. každý výrobce si bude chválit svůj ohon, takže MS bude zdůrazňovat výhody IIS (klidně výkonový náskok v určitém testu) - jenže pokud to někdo přejímá bez vlastní úvahy, svědčí to jen jeho blbosti.