to jde udělat několika různými postupy. Můžeš použít masky, alfakanál nebo ořez cestou.
http://www.photoshopessentials.com/basics/layers/l ayer-masks/
http://www.johnhpanos.com/alphatut.htm
http://www.photoshopessentials.com/basics/clipping -masks-essentials/
http://www.digitalartsonline.co.uk/tutorials/photo shop/how-create-clipping-paths-in-photoshop/
edit: jinak vrstva může být taky průhledná, že?