v lost+found to nejspíše nebude, mazat nedoporučuju. Když už chceš ext4, tak akceptuj výdobytky tohoto formátu.
Jinak dost pravděpodobně to bude spíše ve skrytých adresářích (začínají tečkou) - pokud tedy vůbec jde o soubory a ne o to, že samotný FS má taky svou režii.