Vždy když flešku odpojuji: vypnu thunderbird, vypnu pc a vytáhnu.

U Redmondu bych si jistý raději nebyl, ale pokud už, pak může jít klidně o HW chybu a jako podezřelý může být USB flash disk.
Každopádně můj názor je, že TB je v tom zcela nevinně. A v tomto případě může používat protokol IMAP.
Pozn.: A USB flash disk rozhodně není spolehlivé médium, takže tohle jde opět za uživatelem, má zálohovat.