Jak píše JaFi - Java na desktop není moc vhodná (kvůli problémům s bezpečností), ale zase je taková aplikace plně multiplatformní, což může být někdy rozhodující faktor. Takže bych to úplně nezavrhoval. Zaměř se spíše na serverové využití Javy. Java na serveru jako backend (většínou REST api, doporučuji prostudovat knihovnu Spring) a webová stránka jako frontend. Pro tvorbu frontendu můžeš použít HTML5 a javascript, případně nějaký hotový framework, třeba Vaadin (java) nebo AngularJS (javascript).

Pokud jsi v Javě nikdy neprogramoval, začni knihou Effective Java.