Tak nakonec jsem to částečně zafixoval. Jednak jsem zvýšil lock_timeout a všiml jsem si že nemám naindexovanou jednu tabulku ze které čtu a ve které je nějakých 40000 řádků. Takže po těchto dvou úpravách když už dojde k hlášce lock request out of period, zámek se během sekundy uvolní.