i v totalu se to musí zapnout (připomínám jen pro úplnost, protože nic nepíšeš).

linux může speciálně pojmenované soubory považovat za konfiguráky, ale to nebude případ tvých adresářů.

zatím nemá cenu to řešit windowsí kontrolou disku, mohlo by se stát, že o ty soubory přijdeš.
recuva: nechal bych to nejdřív proskenovat, co ten soft najde.