Pochop že mi nevíme co v tom máš za bordel. Jestli jsi odflákl i ukládání do různých adresářů třeba dovolena2015, vylet, jaro a cpal si to pokaždé jinam tak ti porovnávání moc nepomůže. Tak si s tím hraj ručně nebo pokud je ta struktura dat nulová prožeň to nějakým mazačem duplicitních souborů a pak to přesuň nahromadu nebo znovu roztřiď. Sám musíš vědět co je pro tebe nejlepší/nejrychlejší.
Já třeba když mám adresář s názvem fotox s 250 soubory a stejný fotox s 271 soubory tak při porovnám přes crc nebo synchronizaci adresářů zpravidla zjistím že těch 21 navíc jsou přírustky tak je pak překopíruju ať sou na tom stejně a jeden z nich smažu.