Ghostscript je licencovaný ako AGPL, takže ho môžeš použiť aj komerčne. Ak ho chceš ale distribuovať spolu so svojim softvérom, tak to má nepríjemné obmedzenia.

Môžeš vyskúšať pdftk, kde ponúkajú takúto utilitu zdarma (PDFtk Server), ale neskúšal som.

Ja používam platenú knižnicu od Debenu a s kvalitou som veľmi spokojný. Na stránke majú aj nejaké free nástroje, možno by ti to stačilo. S využitím knižnice od Debenu som spravil aj konzolovú aplikáciu, ktorá vie okrem iného aj spájať PDF dokumenty, ale je súčasťou väčšej aplikácie (voľne dostupnej) a nechcem sem dávať odkaz len na tú konzolovú utilitu.