Nevrátil sa ku konfigurácii v jednom súbore - to by bolo šialené. Dobre si pozri, ako je nakonfigurovaný a hľadaj hlavne Include direktívy. Možno includujú len súbory s príponou .vhost.conf a ty máš len príponu .conf alebo niečo podobné. Samotná organizácia konfiguračných súborov je závislá od konkrétnej distribúcie.