Pokud to jsou pasivní soubory, tak jenom zabírají místo na disku.
Proč tam zůstávají? Protože různé programy po sobě umí různě uklidit/neuklidit.
Žádné běžící procesy by v systému po odinstalování programu nicméně zůstat neměly. Zkontrolovat můžeš například pomocí Process Explorer.