jen doplním: a zatržené startovní položky ukáže autoruns ...
-> ms autoruns má záložky: logon (po spuštění), services (služby), scheduled tasks (naplánované úlohy).

jak píše kolega, někdy je to nekvalitou odinstalátoru samotné aplikace.
ale běžně je v tom i úmysl: pokud v tom adresáři zůstává nějaký soubor s nastavením nebo uživatelskými daty, běžný uninstall to nemaže, protože to může být pro novou instalaci užitečné.