Ďakujem. Ten odkaz som prešiel, ale unikla mi ta jedna úvodzovka. príkaz
%comspec% /c start "" /min
pred cestou k spúšťanému programu ho minimalizuje.
Aj tak nechápem načo sú tam tie úvodzovky, keď podľa https://technet.microsoft.com/en-us/library/cc7702 97.aspx nie sú povinné.