Pozri pod akým účtom ti beží apač, pod rovnakými právami sa spustí aj php.exe, a následne tvoj exáč v php skripte. Skontroluj aj správcu úloh či tam neostávajú spustené visieť. Píš tie exáče aj s cestami. A popozeraj všetky logy, apache, php, windows eventlog.
A skús aj gúgl, napr.. https://community.apachefriends.org/f/viewtopic.ph p?f=16&t=44123