Otázka je, jestli ty "chybějící soubory" opravdu chybí. Zkontroluj namátkou C:\Windows\system32\drivers\http.sys (nebo pár dalších). Možná, že ten čistič ti vyčistil hromadu systémových souborů (ovladače) a taky registry. Zkusil bych sfc /scannow
V příloze je čitelný log.