Tak třeba:
1. načteš jednotlivé řádky do pole pomocí File.ReadAllLines.
2. z jednotlivých řádků si vytvoříš stejnou strukturu, jako jsi měl před tím (pole[][]), např. pomocí string.Split
3. porovnáš takto získanou strukturu se stávající. Buď pomocí dvou vnořených cyklů, nebo pokud tam bud nějaký identifikátor, tak pomocí Hashsetu
4. Co ve stávajícím poli přebývá, to připíšeš do souboru.