Vidím, že vlastní snaha už dneska lidem moc neříká.

var values = new string[lines.Length][];
var splits = new[] {' ', ';'};
for(var i = 0; i < lines.Length; i++)
{
    values[i] = new string[3];
    var fields = lines[i].Split(splits);
    for (var j = 0; j < 3; j++)
        values[i][j] = fields[j + 1];
}