Jde o to, v jakém programu je ten Setup.EXE vytvořený. Každý instalační program má vlastní způsob, jak soubory komprimuje, jak je ukládá do výsledného balíku...
Na InstallShield jsem tuším dekompilátor potkal.
Na MS balíky dekompilátor existuje
U menších instalátorů - InnoSetup, NullSoft Install už bych to neviděl vůbec jednoduše...

Ale počítej s tím, že když to rozebereš, nebudeš mít jak to zase poskládat bez příslušného programu, ve kterém byl blík vytvořen.