Server by měl běžet pod účtem system, pak nejsou problémy
Při instalaci se nastavuje zabezpečení Windows/SQL/kombinované
Pokud se nastaví kombinované nebo Windows, pak má administrátor + přidělení uživatelé přístup k SQL serveru.
Pokud nastavíš autentizaci pouze na SQL, pak bude mít právo pouze definovaný uživatel. V základu SA + další, které si definuješ na serveru. Aplikace pak bude přistupovat k serveru pomocí toho účtu.

Co se týká ochrany dat, pak na prvním místě je zajištění fyzické bezpečnosti - aby se k serveru nikdo fyzicky nedostal. Jinak třeba může zastavit službu, zkopírovat si přímo DB soubory a připojit je na jiném MS SQL.

Co se týká ochrany záloh, můžeš použít šifrovanou zálohu - koukni se na možnost Encrypt backup