Pokud je to embeded mysql jenom pro ten webserver, nemá co mít přístupný port 3306 vůbec (používat socket nebo ho připojit na localhosta). Pokud to má být SQL server pro více serverů, přísně omezit uživatelská oprávnění k jednotlivým databázím a zajistit, aby přístup k SQL serveru byl pouze po "bezpečných sítích". Komunikace je totiž totálně nešifrovaná.