Technicky vzato, ještě je jedno místo na pevném disku, které je formátem nedotčené, kde by virus mohl zůstat - master boot sektor, případně celá první stopa disku. Master boot sektor ale (pokud vím) přepisuje instalátor operačního systému, takže je nepravděpodobné, žeby tam virus zůstal. Chceš-li mít jistotu, stáhni si nějaké live cd s antivirem, nabootuj z něho a nech prohlédnout disk...
Edit: platí pro klasický formát disku s MBR. Ty novoty typu GPT neznám...