Existuje celá řada programů pro práci s registrem (např. regedit – přímo ve Windows). Jejich účelem může být záloha, editace nebo defragmentace registru (Odkaz vede na defragmentaci souborů. Ve skutečnosti defragmentace registrů není skládání částí registrů za sebe, ale definitivní mazání položek, které předtím byly označeny, jako smazané. Dojde tedy k zmenšení velikosti registrační databáze. Nejedná se tedy o defragmentaci v pravém slova smyslu.). Tímto způsobem lze měnit, odstraňovat nebo vytvářet hodnoty a podklíče obsažené v registru. Existuje také celá řada programů určených k tzv. pročištění registru, tj. odstranění nepoužívaných a neplatných položek z registru. Tyto nepotřebné položky zbytečně zpomalují systém a zabírají místo na disku. Defragmentace registru funguje na principu odstranění volného místa z registru a uvolnění zbytečně zaplněného prostoru. Program provádějící defragmentaci přemístí záznamy v registru tak, aby se zvýšila výkonnost systému