Ten wrapper čo používaš obsahuje:

procedure TSQLiteDatabase.EnableLoadExtension(value: boolean);
procedure TSQLiteDatabase.ExecSQL(const SQL: String);


nie som odborník na sqlite ...netuším či to bude fungovať, ale asi takto:

var
  database: TSqliteDatabase;

begin
   ...
   database.EnableLoadExtension := true;
   database.ExecSQL('SELECT load_extension("libspatialite-2.dll")');
   ...
end;