nepřehodil jsi ty disky?
nejdřív je musí uvidět bios!!, pak teprve klikej na nesmysly ve windows.

jinak ze kterého oddílu se bude bootovat (a kde leží tvoje nabídka boot.ini s výběrem z obou operačních systémů), to určuje nastavení některé partition jako active. dá se o tom přesvědčit bootovacím cd s nějakým partition managerem (asi nemáš) nebo fdiskem na bootovací win9x disketě.

jenže pokud nebyl při prvním spuštění správný disk viditelný, jako aktivní ti bios po restartu vybere druhý disk, a už vidíš pouze jeho bootovací nabídku bez prvního disku.

1.nech zapojený jen první disk, správnou propojku na master u ide disku, u sata není co řešit - a bios ho musí vidět.
2. pak zapoj jenom druhý disk, a bios ho zase musí vidět.
3. pak zapoj oba disky a donuť bios/propojky/kabely aby je ukázal oba.
(nezapomeň že bios má autodetekci, tak ji použij, taky můžeš cmosku vymazat a znovu nastavit)