updaty firmware se dělají přímo v mikrotiku, je to přímočaré a následuje jen reboot.
edit: těch postupů jak upgradovat je více, dalším je "sprosté" vhození aktualizačního balíku do "Files"
edit editu: viz http://wiki.mikrotik.com/wiki/Manual:Upgrading_Rou terOS tady na wikině je to optimálně komplet popsané
Co se zabezpečení týká, nevím o tom, že by v defaultním režimu router vystavoval mikrotik nějakou administraci do inetu.