Ti 2 konstruktéři nejsou schopni se domluvit na nějakých pravidlech?
Jsou stále připojeni k síti nebo potřebují pracovat offline?
Cobian je dobrý soft na zálohování, ne na synchronizaci.

Pokud pracují offline, můžeš použít FreeFileSync nebo můžeš zkusit podporu offline souborů přímo ve Windows.
Ale budeš muset řešit konflikty, kdy oba změní stejný soubor.