To, že je to souborový systém, neznamená, že jeho použití je zdarma. Někdo ho musel vymyslet a nedává svou myšlenku k dispozici zadarmo. Pokud vím, Ubuntu, jakožto svobodný software zdarma, ve svých ranných počátcích NTFS taky nepodporoval, tedy alespoň v oficiální distribuci. NTFS není svobodně použitelný kýmkoliv, kdo si zamane.