teoreticky by jsi to mohl synchronizovat například pomocí sw DirSync, který všechny požadované operace se soubory umí
http://www.archersoft.com/index.htm

Prakticky narazíš na problém že při aktivních windows jsou některé soubory uzamčené /soubory registrů ntuser.dat/ některé jsou otevřené. Teoreticky bys musel ten sw spouštět přes nějaký jiný systém /live cdčko s linuxem nebo vistou [chip], miniPE...nebo jiný spuštěný systém na jiné partiton/.
Obejít tyhle věci umí zálohování z windows.

Prakticky bys dále zjistil že synchronizovat spolu cca 20 000 soborů trvá déle než udělat tu image. To už je snad lepší kopírovat to někde na jiný fyzický disk "pokupě" bez zjišťování co se změnilo.