Pokud jsem to správně pochopil, po výměně desky neproběhla čistá instalace Windows? Pokud ne, tak to udělej, jelikož ty problémy jsou pravděpodobně způsobené právě tím.
Chybějící pin může a taky nemusí zpusobit malfunkci PC. Některé piny hrají důležitější roli, než ostatní.
Jednou jsem měl desku se socketem 1155, kde bylo ohnutých pár pinů. PC fungoval, ale nesly 2 RAM sloty. Po narovnání pinů opět fungovaly.
Takže doporučuji čistou instalaci Windows a pak uvidíš.