Díky! Čekal jsem, kdy někomu dojde, že na první dva body by měl stačit program s dobrým algoritmem porovnávání a možnostmi variabilně nastavit vstupní parametry. Otestoval jsem ho na cca 100 000 souborech a šlo to při celkové velikosti cca 30 GB za 20 minut.
Určitě uvítám od dalších lidí tipy na podobné programy a rád je vyzkouším.