Pokud jsou tam stejné obrázky, pak by bylo ideální, kdyby nějaký soft byl schopný extrahovat obrázky z PDF a ty by se pak následně porovnaly. Zde jsou nějaké odkazy (ten freeware tam uvedený by to měl umět i dávkově):
http://www.makeuseof.com/tag/extract-images-pdf-fi les-save-windows/

Třeba by bylo cestou odstranit nejprve všechny poznámky z PDF a až pak porovnávat. Zde jsem našel nějaké náznaky na dávkové ostranění poznámek:
https://superuser.com/questions/221711/batch-remov e-comments-from-pdf-files