Změna priority by neměla nijak zásadně ovlivnit výkon jednoho procesu, pokud ti tam ovšem neběží hned několik náročných procesů. A jestli si nejsi něčeho takového vědom, tak máš v systému nejspíš nějaký border.
Priorita se nastavuje procesům. Pokud zavřeš nějaký program, ukončí se jeho proces a při opětovném startu se vytvoří zcela nový proces. Proto si to tu prioritu "nepamatuje".
Jak nastartovat program s vysokou prioritou: http://www.wikihow.com/Make-a-Program-Start-at-Hig h-Priority-(Windows)