Zásadní otázka zní: k čemu jsi potřeboval .NET Framework zrovna v té nové verzi 4.6.2? To Ti nešlo něco spustit nebo něco zlobilo? Podařilo se Ti vyrobit opravdu slušnej guláš.

Podívej se prvně do systémovýho logu pomocí Prohlížeče událostí a hledej chyby instalace toho Frameworku, měl bys tam najít detailnější popis chyby, třeba Tě k něčemu navede.

Pokud tam nic konkrétního nenajdeš, asi bych pak postupoval takto:
1. Znovu použij ten cleanup
2. Vlož do mechaniky instalační DVD Windowsů (přesně stejná verze, co máš na PC), spusť příkazový řádek jako správce a v něm zadej příkaz "sfc /scannow" (bez uvozovek, mezera je důležitá). Tím by se měly obnovit systémové soubory Windows.
3. Pokud opravdu .NET Framework verze 4.něco potřebuješ, nainstaluj ho. Pokud ho nepotřebuješ, neinstaluj ho.