Při instanaci volíš, kam to chceš. Tak tam zvol d:\ (nebo co používáš na programy).
A úplně nejlepší by bylo, vybodnout se na celý Acrobat Reader a nainstalovat 9,1x menší a 8,9x rychlejší Foxit Reader (též zadarmiko)
http://www.slunecnice.cz/sw/foxit-pdf-reader/