Toto je tak triviální, že to vím i já.
Klíčem jsou relativní cesty.
Tzn. nezapisuješ/nepoužíváš úplnou cestu, ale relativní.
Například říkáš: V adresáři o jednu úroveň zpět je ten a ten konkrétní soubor v tom a tom adresáři:
INCLUDE "../IncludeSoubory/knihovna.php";
Eh.. nebo to není to co myslíš ?