Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Policies\Skype]
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Policies\Skype\Phone]
"DisableSupernode"=dword:00000001...případně ještě ListenHTTPPorts=0 a DisableUDP=1.
Viz http://www.skype.com/security/guide-for-network-adm ins-30beta.pdf
P.S. Na stránce SkypeConfiguration máš dole NoSuperNode.reg.
Ale tím omezíš jen danou instalaci skype, přehlédl jsem, že to chceš asi vlastně zakázat na celé síti.