Nechapes ze .bat spusta prikazy operacneho systemu a nie prikazy nejakeho programu (ftp klienta).
Otazka nie je urobit .bat, ale ze akeho ftp klienta pouzit, ktory nejako podporuje automatizaciu/skripty alebo nieco podobne. Ja takeho klienta nepoznam preto odporucam total commander. Je to prehladne a mozes si tam ulozit tusim aj heslo ak chces.