Textarea je na editovanie textu, vrátane nových riadkov, zatiaľ čo v HTML sa viacero bielych znakov za sebou považuje za jednu medzeru. Keď výstup HTML-zakóduješ do elementu PRE, tak sa biele znaky zachovajú. Alebo ak ti stačí, že sa zachovajú len nové riadky, tak môžeš použiť funkciu nl2br na HTML-zakódovaný text.

BTW: Ak si vieš ošetrovať vstupy od používateľa, tak by som magic_quotes_gpc vypol.