Ten disk je teda předpokládám rozdělený na dva oddíly a na každém z nich je jedna instalace? A při startu počítače se zobrazuje bootmenu s výběrem systému?

Pak tedy stačí neaktivní oddíl naformátovat (nezapomenout na něm důležitá data!) a v boot.ini odstranit odkaz na ten smazaný systém. Už se to tady v poradně několikrát řešilo, stačí si vyhledat klíčové slovo boot.ini.