nenapsal jsi který z tvých dvou disků je v biosu nastaven jako bootovací, eventuálně která partition je nastavena jako active - zjistíš libovolným partition managerem.
pokud se použije tento boot.ini - staruje podle hodnoty default 1.disk, 1.oddíl, z adresáře winnt - čili tvoje w2000
aby nabootovaly xp, nejsem si jistý co znamená to "signature(122ca0f2)" - máš tam nějaký extra řadič pro druhý disk?