Připadá mi, že PDF není primárně určeno pro e-knihy. Je vhodné spíš pro papírové knihy (dokumenty určené k tisku na papír).
Jedna věc je, že v PDF už spousta hotových knih existuje, takže je samozřejmě vhodné mít na ně po ruce prohlížeč. Ale když máš možnost volby, v čem si e-knihy uložit, prozkoumal bych jiné možnosti.
http://www.google.com/search?q=ebook+format
http://en.wikipedia.org/wiki/Comparison_of_e-book_f ormats
Zkus třeba Mobipocket reader nebo Microsoft Reader. PDFka jsou nepraktická - mají pevný formát a font, na malých obrazovkách se prohlížejí hůř než ostatní e-knihy, mají pevné dělení na stránky, atd. Osobně preferuju formát .txt.