K otázkam:
1) Nastavenie zobrazovania titlebar funguje len niekde (IE5.5 a IE6.0) a to tiež len niekedy. Zobrazuje sa tam text z elementu html/title, prípadne sa dá nastaviť v JavaScripte pomocou document.title.
2) Ak chceš otvoriť nové okno uprostred obrazovky, musíš si tú pozíciu vypočítať pomocou vlastností screen.width, screen.height alebo screen.availWidth, screen.availHeight.
3, 4) Či sa zoberá nastavenia do úvahy je len vecou prehliadača a jeho nastavenia - to nemusíš riešiť.

K editu:
Najjednoduchšie je vytvoriť si najprv taký div priamo na stránke, naštýlovať ho a nakoniec to prepísať tak, aby sa ten div pridal dynamicky (pomocou document.createElement, el.appendChild, el.innerHTML). Prípadne použiť nejakú existujúcu knižnicu (napr. http://www.stickmanlabs.com/lightwindow/)

K pôvodnému problému:
Najprv by som sa zameral na to, ako to bude fungovať bez JavaScriptu. Až potom by som rozmýšľal nad tým, či sa to má správať pri zapnutom JavaScripte trochu inak alebo nie.